安全性高：與傳統核酸染料溴化乙錠（EB）相比，SafeGreen 分子量較大，無法輕易穿透細胞膜，低細胞毒性和低致突變性優勢明顯。EB 是強誘變劑，具有高致癌性，易嵌入 DNA 堿基對，進入細胞后會干擾核酸代謝，危害實驗人員健康；而 SafeGreen 因難以進入細胞內部，對細胞內核酸正常代謝和功能干擾極小，在細胞培養相關的核酸檢測等對生物安全性要求高的實驗中，更具應用價值 。與 SYBR Safe 相比，HeLa 細胞實驗表明，SYBR Safe 可迅速進入細胞對細胞核染色，而 SafeGreen 無法穿透細胞膜與活細胞內的 DNA 結合，對細胞生理狀態影響更小。

靈敏度高：在瓊脂糖凝膠電泳實驗中，無論是低濃度還是高濃度的核酸樣品，SafeGreen 對核酸的敏感性使其能清晰顯示核酸條帶，靈敏度可與傳統高靈敏度染料相媲美，能滿足 PCR 產物鑒定、克隆與載體構建等實驗對核酸條帶精確觀察的需求。而一些普通核酸染料，在檢測微量核酸時，條帶顯示不夠清晰，容易造成檢測結果的誤判。

穩定性強：SafeGreen 在常見實驗條件下化學穩定性出色，與 TAE、TBE、RRB 等常用電泳緩沖溶液兼容性良好，對溫度、pH 值等環境因素變化有一定耐受性，輕微條件波動下也能維持穩定染色效果。其熒光信號在一定時間內穩定，不易淬滅，長時間曝光下標記的核酸條帶熒光強度不會明顯減弱，保證實驗結果記錄的準確性和可重復性 。部分核酸染料在不同緩沖體系中易分解或失效，且熒光穩定性差，影響實驗結果分析。

電泳兼容性好：SafeGreen 采用膠染法染色時，不會影響 DNA 條帶遷移，即使高濃度核酸樣品也不會出現條帶扭曲現象，能讓科研人員準確判斷核酸片段分子量和遷移率。同時，它可在 488nm 波長下被藍光激發，適用于藍光切膠儀或掃描儀，避免紫外激發對核酸和實驗人員的潛在損傷，也可被紫外激發用于常規紫外凝膠成像系統，適配不同實驗室設備 。有些核酸染料對激發光源要求單一，限制了使用場景；還有些會影響核酸條帶遷移，干擾實驗結果判斷。

成本較高：由于其在研發、生產過程中，對安全性、穩定性等方面的技術要求較高，導致生產成本增加，相比一些傳統核酸染料（如甲基綠等），SafeGreen 核酸染料的市場價格偏高，對于樣本量大、預算有限的實驗室來說，使用成本是需要考慮的問題 。

熒光強度可能相對較弱：在某些檢測條件下，與部分超敏型核酸染料相比，SafeGreen 的熒光強度可能略顯不足。對于一些本身含量極低，且缺乏有效信號放大手段的核酸樣本檢測，可能無法提供足夠強的熒光信號，影響檢測的靈敏度下限 。不過，在絕大多數常規實驗中，其熒光強度能夠滿足檢測需求。

染色時間可能較長：采用泡染法時，相比一些快速染色的核酸染料，SafeGreen 需要將凝膠在染色液中振蕩孵育 30 - 60 分鐘，染色時間相對較長。雖然可以通過優化染色條件適當縮短時間，但對于追求快速出結果的實驗場景，可能不太適用 。